• Giotto riprende lo schema del baldacchino architettonico già usato per Innocenzo III. Gregorio IX è disteso nel suo letto sontuoso; la sua tiara è appoggiata sul comodino, simbolo di un'umanità privata del rango nel momento del riposo e della visione.

• Il Santo appare al lato del letto, maestoso e sereno. Con la mano destra solleva un lembo del suo saio e indica la piaga del costato, mentre con la sinistra porge una fiala di vetro che, nel sogno, si riempie del sangue sgorgante dalla ferita. Questo dettaglio sottolinea la natura fisica e concreta del miracolo, nonostante la dimensione onirica.

• Ai piedi del letto, i domestici e le guardie dormono profondamente. Giotto usa le loro pose plastiche e rilassate per accentuare il silenzio della scena e l'isolamento mistico dell'incontro tra il Papa e il Santo.

• La stanza è resa come un volume solido. L'uso dei colori e delle ombre crea una profondità che dà allo spettatore l'impressione di guardare dentro una stanza reale, una tecnica che diventerà il marchio di fabbrica di Giotto nella Basilica di Assisi.

L'episodio serve a "chiudere il caso" sulle stimmate davanti alla storia. Se il Papa, massima autorità dottrinale, ha ricevuto una prova soprannaturale, nessun fedele può più dubitare. È l'atto finale di legittimazione del corpo di Francesco come reliquia vivente di Cristo.