• Il corpo di Francesco è disteso su un letto funebre al centro della scena. Attorno a lui si stringono i frati in un'ampia gamma di espressioni di lutto: chi bacia le mani segnate dalle stimmate, chi piange, chi osserva in preghiera. Questa disposizione crea un senso di comunità ferita ma raccolta nella fede.

• Nella parte superiore del dipinto, un gruppo di angeli trasporta l'anima di Francesco (raffigurata come un piccolo busto luminoso in un clipeo) verso la gloria del cielo. È la traduzione visiva del "transito": la morte non è una fine, ma un passaggio verso la luce divina.

• Un elemento chiave è la figura del medico (o cavaliere) Girolamo, che si china sul costato di Francesco. Egli non credeva alle stimmate e, come un "nuovo Tommaso", introduce le dita nella ferita per accertarsi della loro realtà. Giotto usa questo dettaglio per confermare l'autenticità del miracolo agli occhi dello spettatore.

• Sulla destra, il clero officia le esequie con croce e ceri. La precisione dei paramenti e dei gesti rituali ancora una volta radica l'evento mistico nella prassi della Chiesa del XIV secolo.

La scena celebra la "Sorella Morte" cantata da Francesco. Nonostante il dolore dei compagni, l'atmosfera generale non è di disperazione, ma di sacralità. La morte del Santo è l'ultimo atto della sua imitazione di Cristo, sancita dalla pubblica visione delle sue piaghe.