• Giotto raffigura Cristo nelle sembianze di un serafino con sei ali infuocate, inchiodato a una croce che vola verso Francesco. Dalle ferite di Cristo partono dei raggi luminosi che vanno a colpire le mani, i piedi e il costato del Santo, imprimendovi i segni della Passione.

• Il Santo è ritratto in una posizione di dinamismo e stupore: un ginocchio a terra e le braccia sollevate, come se fosse attratto magneticamente dalla visione. Giotto riesce a trasmettere la tensione fisica del dolore unita all'estasi spirituale, rendendo Francesco un alter Christus (un altro Cristo).

• La scena è ambientata tra le rocce nude e scoscese della Verna. La durezza del paesaggio riflette il rigore della vita ascetica. Sulla destra si intravede la chiesetta del monastero, unico segno di presenza umana in un momento di solitudine assoluta con Dio.

• A differenza della versione su tavola conservata al Louvre, dove i raggi sono linee rette dorate, nell'affresco di Assisi la connessione tra il Serafino e Francesco è resa attraverso la forza dello sguardo e la tensione dei corpi, sebbene il tempo abbia deteriorato alcuni dettagli grafici originali.

Secondo le Fonti Francescane, le stimmate sono il sigillo definitivo che Dio pone sulla vita di Francesco, riconoscendolo come il più fedele imitatore di Gesù. Questo evento trasforma il corpo del Santo in una "reliquia vivente" e costituisce il culmine del suo percorso di spogliamento e conformità a Cristo.