• Giotto compie un colpo di genio prospettico, una rivoluzione del “punto di vista”. Invece di mostrare la chiesa dalla navata (dove sta il pubblico), ci porta dietro l'iconostasi, nella zona riservata al clero. Vediamo il retro della croce lignea, inclinata verso la navata, e il retro del leggio. È un "dietro le quinte" che dona un realismo mai visto prima.

• Al centro, Francesco è inginocchiato davanti alla mangiatoia e depone il Bambino. Secondo le Fonti Francescane, il Bambino, che sembrava addormentato, si risvegliò tra le braccia del Santo. Giotto dipinge il piccolo con le fasce, mentre Francesco lo maneggia con una tenerezza quasi materna.

• La scena è affollata. A sinistra si vedono i frati che cantano (Giotto ne dipinge le bocche aperte, rendendo quasi visibile il suono), mentre a destra nobili e popolani assistono stupiti. Le donne, per le leggi del tempo, restano sulla soglia, osservando dall'esterno del recinto sacro.

• Il ciborio sopra l'altare è una copia fedele dei monumenti cosmateschi romani dell'epoca, dimostrando come Giotto volesse radicare l'evento miracoloso nella realtà contemporanea dell'osservatore.

Con il “Presepe”, Francesco "umanizza" il divino. Il Presepe non è più solo un dogma, ma un'esperienza sensibile. L'opera di Giotto nella Basilica di Assisi celebra proprio questa capacità del Santo di rendere il Vangelo un fatto vivo e quotidiano.